1957年8月，安徽醫科大學經國家批準開設業余大學，開始成人教育工作，當年即舉辦五年制醫療?？瓢?，1964年9月停辦。1984年9月恢復成人教育招生（夜大形式），隸屬學校教務處。1990年成立成人教育處。1992年4月，在原夜大學和成人教育處的基礎上成立成人教育學院，開始招收脫產、半脫產、函授和夜大等學歷形式學生。2005年10月，為適應醫學繼續教育發展，擴大醫學成人高等教育服務外延，進一步拓展新的工作領域，成立安徽醫科大學繼續教育學院，與成人教育學院合并辦公。2018年底，學校賦予學院新的職能，形成高等學歷繼續教育、同等學力人員申請碩士學位、在職醫師申請臨床醫學博士專業學位一體化培養的格局。

2019年7月18日，經校黨委常委會研究決定，撤銷原繼續教育學院黨總支，成立繼續教育學院直屬黨支部。學院現下設黨政辦公室、招生與社會培訓管理辦公室、教學管理辦公室、考試與評價中心、學生與學籍管理辦公室、非學歷教育管理辦公室。在附屬阜陽醫院設立分校，在安慶醫藥高等?？茖W校、黃山職業技術學院、安徽省淮北衛生學校設立教學點。目前在籍各層次各專業共有學生近兩萬人，包含在職醫師申請臨床醫學博士專業學位、以研究生同等學力申請碩士學位、成人高等教育專升本三個層次。多年來，學院堅持貫徹黨的教育方針，堅持立德樹人根本任務，累計為社會培養各層次醫療健康衛生人才近10萬人，為促進地區衛生健康事業發展做出了突出貢獻，獲得社會廣泛的贊譽和信賴。

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